Su función principal es proponer la política pesquera y de acuicultura nacional y sus formas de aplicación, como también los reglamentos e impartir las instrucciones para la ejecución de la política nacional pesquera y de acuicultura. Dentro de sus competencias se encuentra también: proponer las normas de protección, control y aprovechamiento racional de los recursos hidrobiológicos disponibles y su medio; pronunciarse, mediante resolución, sobre las solicitudes de permisos de pesca de buques nacionales o extranjeros y para instalación, ampliación o traslado de industrias pesqueras y de establecimientos de centros de cultivos; orientar la actividad del sector industrial hacia un eficiente aprovechamiento de los recursos pesqueros; fomentar la actividad pesquera artesanal y promover y coordinar la investigación que requiera el sector pesquero y acuicultor, proponiendo su financiamiento. Finalmente, le corresponde elaborar y difundir la información sobre el sector pesquero, como así también promover y coordinar la capacitación profesional de los medios humanos del sector y regular las actividades de pesca deportiva.