La Declaración de Djuanda 13 de diciembre de 1957, declaró que Indonesia es un Estado archipelágico. Se establece que el cuerpo de agua que lo rodea, dentro y que conectan las islas de la República de Indonesia es parte inseparable del territorio de la República de Indonesia como un país unido.
El concepto de Estado archipelágico se reconoce en la United Nation Convention on The Law of the Sea (UNCLOS) el 10 de diciembre de 1982 y ratificado por la República de Indonesia, la Ley Núm. 17, en el reconocimiento year1985.This presenta una amplia responsabilidad para gestionar, seguro y aprovechamiento sostenible del territorio de la República de Indonesia y de todos sus recursos. Se requiere una gran capacidad marítima, con el apoyo de los recursos humanos desarrollados, gran cantidad de recursos financieros y tecnología moderna.
La misión MMAF, funciones, estructuras de organización y su posición en el gabinete son determinados por el Decreto Presidencial N º 165 en el año 2000, publicado en 23 noviembre de 2000. El decreto presidencial N º 9 en el año 2005, se estipula que la misión principal de la MMAF es: "ayudar al Presidente (de la República de Indonesia) en la celebración del proceso de la gobernanza en el medio marino y la pesca"