La Subsecretaria de Acuacultura, con sede en la ciudad de Guayaquil y jurisdicción nacional; tiene como objetivo administrar, controlar, desarrollar y difundir la actividad de la acuacultura en todas sus fases; a través de la investigación básica y aplicada, innovación tecnológica, formación de recursos humanos altamente calificados, promoción de los productos en los mercados interno y externo, para la preservación y manejo sustentable de los recursos acuáticos en todo el territorio nacional.