El Instituto Central de Investigaciones Pesqueras Marinas fue establecido por el Gobierno de la India el 3 de febrero de 1947 bajo el Ministerio de Agricultura y Bienestar de los Agricultores y más tarde se unió a la familia ICAR en 1967. Durante el curso de más de 65 años, Instituto de investigación pesquera del mundo.

Desde su creación, la CMFRI creció significativamente en su tamaño y estatura y creó una infraestructura de investigación adecuada y contrató personal calificado. Durante la primera mitad de los cinco decenios de su existencia, la CMFRI dedicó su atención a la investigación en la estimación de los desembarques y esfuerzos pesqueros marinos, la taxonomía de organismos marinos y las características bioeconómicas de las poblaciones explotadas de peces y mariscos. Este esfuerzo de investigación contribuyó significativamente al desarrollo de las pesquerías marinas de la India, desde una pesquería predominantemente artesanal hasta el comienzo de los años sesenta hasta la de pesquerías multiespecies complejas y multi-artes.

Uno de los principales logros de la CMFRI es el desarrollo y perfeccionamiento de un método único para la estimación de la captura y el esfuerzo pesquero de los más de 8000 km de costa denominado "Método de muestreo aleatorio estratificado en varias etapas" (NMFDC) con más de 9 millones de registros de captura y esfuerzo de todos los estados marítimos de la India de más de 1000 especies pescadas.